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在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。 除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提取，这种方法简便且不改变原PDB文件，避免出现误操作的情况。 将蛋白质pdb与 适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？ 问题不清楚：我理解你的问题是 1）我想知道一个 蛋白质 的 空间结构，想查查pdb，但是不知道编号。 这个好办，不需要知道 pdb编号。直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。一个蛋白质，视重要程度和实验难度，可能有从几个到上千又或者根本没有结构信息，所以蛋白质和pdb是一对多的关系.

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pymol如何保存成pdb格式? 小蓝星 · undefined 来自知友的真实反馈 我用pymol 处理多肽后不知道怎样保存为pdb了 显示全部 关注者 12 被浏览 如何从 alphafold2 蛋白质数据库下载 pdb。AlphaFold 是由谷歌的 DeepMind 开发的人工智能程序，用于预测蛋白质结构。 网址：https. pdb格式 图片取自：pdbintro 其次，我们需要知道Pymol中显示颜色的方式。Pymol有各种显示颜色的方案，我们这次会利用其能够根据b-factor上色的功能。 Pymol操作为：color选项 >> spectrum >> b-factors 我们第一步要生成一个9x9x9的格子。

5. 恢复原位或重置视图： - 如果你想要恢复分子到原来的位置，可以重新加载原始的PDB文件，或者使用`zoom`命令重置视图回到初始状态： ``` zoom all ``` 另外，你也可以使用`transform`命令来精确地移动分子，这允许你指定平移和旋转的具体参数。

有谁在RCSB PDB网站下载过蛋白质的pdb文件？ 怎样从这个网站中下载到某一聚合物中某一个组成部分的pdb文件？ 例如由actin何frofilin两种蛋白质通过binding 形成complex,能不能找到complex中actin的pdb文件 关注者 10 分析结束后，在信息中查找“PROCESS_NAME”、“MODULE_NAME” 、 “IMAGE_NAME”和”FAILURE BUCKET_ID“，查看具体错误原因后进行针对性修复。 常见的修复方案有以下几种： 方案一：通过官方渠道更新或者重新安装电脑所有主要硬件 (包括 BIOS、独立和核心显卡、有线和无线网卡、声卡、SATA AHCI等) 的驱动程序. 有没有生物大佬教教我PDB是什么啊？在线等，挺急的！！谢谢辽？ 关注者 10 被浏览 11,955 知乎用户 罗格斯新泽西州立大学 化学与化学生物学博士